由於傳染源對環境的污染極為廣泛，在不能對所有污染都進行全面的消毒情況下，對不同傳播途徑、媒介進行重點消毒，如住艙、隔離艙、儀器、醫療器材、扶梯、水、食具、床單衣物等。根據傳染病傳播途徑的不同，選擇不同的消毒方法。

（1）空氣消毒

     船舶的空氣消毒主要以通風為主，當船舶上發生呼吸道傳染病時，當增加通風次數和時間。輔助方式有消毒噴霧劑和紫外線照射兩種。消毒噴霧劑可選用對人體刺激較小的0.2%洗必泰乙醇（60%）溶液進行消毒。紫外線照射無味、安全、無殘留毒性，可用在船舶住室、隔離艙的空氣消毒。

（2）設施、器材消毒

     儀器、扶梯、把手、桌椅等但凡可能被頻繁接觸的設施、器材需採用濕性擦抹或壓力水沖洗的方法消毒。大掃除時，採用含碘100mg/L的碘伏溶液、2%戊二醛溶液、0.2%洗必泰乙醇（75%）溶液的其中一種進行消毒。平時擦抹用過的擦布或拖布，採用含氯1000mg/L消毒劑浸泡30分鐘消毒。醫療器械經使用後，務必進行嚴格的消毒或滅菌處理。

（3）飲用水消毒

     目前大多數遠洋船舶都安裝了飲用水的淨化過濾裝置，大大提高了飲用水的質量。但是，飲用水的消毒工作仍然不可或缺。做好飲水管道、貯存水櫃的清洗和消毒，並定期根據水櫃水量投放定量的消毒藥物。

（4）床單、衣物的消毒

     傳染病患者用過的床單、被罩、衣物等須先消毒、再洗滌。消毒方法是在加入洗滌劑的水中煮沸20分鐘。

（5）手的消毒

     手的消毒在日常生活主要是採用肥皂或液體洗滌劑流水洗滌的方法進行消毒的。據相關研究表明，每天堅持高質量的洗手，可使細菌數減少60%-90%。船舶上的醫務工作者在進行無菌操作前後或接觸傳染病患者時，除用肥皂或液體洗滌劑洗手外，還必須使用消毒劑消毒。消毒方法：取適量（>6mL）的速乾手消毒劑，按照洗手搓擦步驟進行，直至手部乾燥。